Výzkum
Výzkum u nás probíhá ve třech základních oblastech:

Ekologie a dynamika společenstev řas v mokřadních a terestrických ekosystémech
Zkoumáme prostorovou a časovou dynamiky biodiverzity řas a její vztah k abiotickým ekologickým parametrům. V tomto rámci se věnujeme studiu prostorové heterogenity fytobentosu rašeliništních ekosystémů, malých vodních toků a aero-terestrických řasových synuzií. Tradiční součástí vědeckého zaměření našeho pracoviště je výzkum chrysomonád s křemitými šupinami, jejich taxonomie, sezónní dynamiky, celosvětové biogeografie, ekologie a významu pro biomonitoring ekologických procesů ve sladkovodních ekosystémech.  

Fylogenetika a evoluční historie zelených řas
Zelené řasy (zejména z tříd Trebouxiophyceae a Chlorophyceae) jsou nejméně známou částí rostlinné říše. Při vyhledávání nových nebo velmi málo známých evolučních linií studujeme aero-terestrické biotopy ve střední Evropě, Mediteránu i v jihovýchodní Asii a zabýváme se také evolucí některých lišejníkových řas.
Používáme kombinace molekulárních metod a tradičních i méně tradičních morfologických přístupů (konfokální mikroskopie, geometrická morfometrika) pro tvorbu a interpretaci fylogenetických rekonstrukcí organismů, které sami získáváme z přírody či ze světových řasových sbírek.

Experimentální morfologie řas
Náš výzkum zaměřujeme na zjištění tvarové dynamiky přírodních či experimentálních populací vybraných organismů (Micrasterias, Scenedesmus, Pediastrum, Mallomonas, Pseudococcomyxa) pomocí metod geometrické morfometriky. Naším cílem je výzkum možností využití GM metod zejména v ekologii a biomonitoringu prostředí a také při studiu významu fenotypické plasticity v evoluci.
Paralelním a souvisejícím směrem našeho výzkumu jsou konfokálně-mikroskopické studie a 3-D rekonstrukce ontogeneze a morfogeneze řasových chloroplastů. Tento výzkum si klade za cíl poznání dynamiky morfogenetických procesů u různých fylogenetických skupin řas a umožňuje lepší porozumění chování endosymbiotického chloroplastu v rámci hostitelských buněk v evolučním a taxonomickém kontextu.