Na katedře botaniky probíhá výzkum především v těchto okruzích
Algologie
- Ekologie a dynamika řasové biodiverzity v mokřadních a terestrických ekosystémech (http://botany.natur.cuni.cz/algo/)(http://botany.natur.cuni.cz/chryso)
- Fylogenetika a evoluční historie zelených řas - kombinace molekulárních metod a tradičních i méně tradičních morfologických přístupů. (http://botany.natur.cuni.cz/algo/)
- Experimentální morfologie řas – geometrická morfometrika, populační diferenciace, dynamika morfogeneze (http://botany.natur.cuni.cz/algo/)
Mykologie
- viz. http://botany.natur.cuni.cz/myko/Index.html
- Endofytní houby listnatých dřevin (http://botany.natur.cuni.cz/myko/Vyzkum.html#Endof)
- Taxonomie a ekologie rzí (http://botany.natur.cuni.cz/myko/Vyzkum.html#Rzi)
- Ekologie půdních hub na odkalištích a na extrémních stanovištích (http://botany.natur.cuni.cz/myko/Vyzkum.html#Pudy)
- Biodiverzita pyrenomycetů (http://botany.natur.cuni.cz/myko/Vyzkum.html#Pyreno)
- Ekologie hub v jehličnatém opadu (http://botany.natur.cuni.cz/myko/Vyzkum.html#Ekol)
- Diverzita a ekologie hub žijících v symbiózách s podkorním hmyzem (http://botany.natur.cuni.cz/myko/Vyzkum.html#Ekol)
- Diverzita půdních hub na přirozených stanovištích (např. šumava, Krkonoše)
Ekologie a populační biologie rostlin
- Populační biologie vzácných a invazních rostlin. Studium dynamiky druhů na lokální úrovni, identifikace kritických fází životního cyklu druhů, srovnávací studie hojných a vzácných druhů, dynamika druhů v různých částech areálu, lokální adaptace. (http://www.natur.cuni.cz/~zuzmun/Projekty.htm).
- Vliv herbivorního hmyzu na populační dynamiku druhů, vztah rozšíření a dynamiky rostliny a herbivora na krajinné úrovni, rozdíly v interakcích mezi druhy či ploidiemi rostlin, lokální adaptace k mykorhizním houbám. Vliv pastvy na dynamiky a diversitu druhů na pastvinách. (http://www.natur.cuni.cz/~zuzmun/Projekty.htm).
- Koexistence rostlin a dynamika mnohodruhových společenstev rostlin, diversita horských luk. Práce se soustřeďuje na dynamiku společenstva na malé škále, vývoj prostoročasové strukltury a její prostorově explicitní modelování, a genetickou diferenciaci dominant. (http://www.ibot.cas.cz/krkonose/index.html)
- Adaptace rostlin na extrémní stanoviště a ekologie primární sukcese (http://www.natur.cuni.cz/data/aktuality/tym07/index.htm)
Studium vegetace a krajinná ekologie
- Dynamika druhů v krajině. Vztah současného rozšíření druhů, a současné a historické struktury krajiny. Schopnost šíření druhů. Vztah vlastností druhů a jejich rozšíření v krajině. Modely krajinné dynamiky druhů. (http://www.natur.cuni.cz/~zuzmun/Projekty.htm).
- Vliv historie a dynamiky krajiny na diverzitu rostlin. Zvláštní důraz je kladen na zkoumání dynamiky krajiny po opuštění tradičního obhospodařování.
- Vývoj metodiky monitoringu krajiny – BioHab. Tento projekt je zaměřen na vývoj jednoduchým metodik pro mapování stanovišť na základě použití Rankierových životních forem (http://www.pavelkovar.info/biohab.php)
- Paleoekologie středoevropské krajiny v pozdním glaciálu a raném holocénu (http://botany.natur.cuni.cz/paleo/)
- Fytogeografický a vegetační výzkum tropických And (http://botany.natur.cuni.cz/stancik/andy/andy.html)
Biosystematika a evoluce rostlin
- Biosystematické studie polyploidních kompexů. Cílem projektů je nahlédnout do variability polyploidních skupin na různých hierarchických úrovních a poznat příčiny a důsledky této variability. Zabýváme se otázkami morfologické a ekologické diferenciace, geografického rozšíření, reprodukčních způsobů i vnitro- a mezipopulační genetické variability. Při studiu jsou používány soubory molekulárních technik, morfometrická hodnocení a cytometrické postupy. (http://www.ibot.cas.cz/fcm)
- Evoluční dynamika polyploidních skupin, procesy ve smíšených populacích více cytotypů (http://www.ibot.cas.cz/fcm) Cílem projektů je odhalit, jakou roli hrají vybrané mikroevoluční procesy při vzniku, uchycení a dalším šíření polyploidních taxonů. Zkoumána je role neredukovaných gamet, vznik a účinnost reprodukčně-izolačních mechanismů, stanovištní diferenciace, otázky vzájemného ovlivňování cytotypů (hybridizace, kompetice) a jejich interakcí s dalšími skupinami organismů (opylovači, herbivoři, mykorhizní houby). Zvláštní pozornost je věnována sympatrickým diploidně-polyploidním populacím, které představují počáteční stav v evoluci většiny polyploidů. Mezi nejčastější metodické přístupy patří cytometrické techniky, experimentální postupy a ekologická a fenologická pozorování.
- Fylogeografie polyploidních komplexů (http://ibot.sav.sk/projects_UK_Prague.htm)
- Systematika rodu Festuca v tropických Andách (http://botany.natur.cuni.cz/stancik/descriptions/descriptions.html)
Výzkumné zaměření
- Ekologie, rozšíření, diverzita a taxonomie saprotrofních a parazitických hub, lišejníků a mechorostů v přirozených i umělých, antropicky zatížených ekosystémech.
- Role saprotrofních hub při dekompozici opadu a koloběhu živin v ekosystému.
- Mikroskopické houby významné v prostředí člověka, v potravinářství a ve zdravotnictví (alergenní mikromycety, klinicky významné houby).
- Interakce mikroskopických hub s jinými mikroorganismy (krytenky), členovci (pancířníci, dřevokazný hmyz) a dřevinami.
- Morfologie, taxonomie a ontogeneze vybraných skupin řas.
- Molekulární fylogenetika zelených řas.
- Ekologie a rozšíření planktonních a bentických řasových populací stojatých i tekoucích sladkých vod; ekologie synuzií půdních a aerických sinic a řas.
- Geometrická morfometrika v ekologii zelených řas a chrysomonád.
- Polyploidie a její role v evoluci cévnatých rostlin.
- Populační dynamika polyploidních komplexů.
- Mikroevoluční procesy v sympatických populacích různých cytotypů.
- Genetická variabilita vzácných a ohrožených druhů cévnatých rostlin.
- Apomiktické komplexy.
- Biosystematické studie cévnatých rostlin, s důrazem na zástupce střední Evropy a Středomoří.
- Fylogeografie a studium šíření.
- Fytogeografie území ČR.
- Morfologie cévnatých rostlin.
- Struktura, klasifikace a dynamika moderní vegetace.
- Změny vegetace v historické době.
- Dynamika ekosystémů v záplavových zónách řek.
- Populační biologie druhů a její role pro přežití druhů v krajině.
- Genetická variabilita rostlin ve vztahu k ekologii.
- Mechanismy určující druhovou bohatost rostlinných společenstev.
- Vztahy mezi rostlinami a živočichy, a dalšími skupinami organismů.
- Paleoekologie a archeobotanika středoevropské krajiny.
- Populační biologie vzácných a mizejících druhů naší květeny.
- Ekologie invazních druhů rostlin.
- Kolonizace a sukcese na nově vzniklých stanovištích.
- Tropická ekologie.

