DNA laboratoř

katedry botaniky PřF UK v Praze

Odkazy na často používaný software PDF Tisk Email
Napsal uživatel Administrator   
Neděle, 25 Leden 2009 13:07

 

práce se sekvencemi

  • FinchTV - prohlížení sekvencí
  • BioEdit - editace sekvencí a mnohem víc...
  • ClustalX - základní alignment sekvencí
  • Primer3 - navrhování primerů
  • CAP3 - vytváření contigů
  • SeqState - automatické kodování indelů

práce s AFLP a mikrosatelitovými primárními daty


konstrukce stromů, koordinační analýzy a další programy... 

  • TreeCon - výpočet a grafické zobrazení dendrogramů (sekvence, dominantní i kodominantní data)
  • FAMD - stromy, PCoA, AMOVA, Shannonův index, zacházení s chybějícími daty...
  • PAUP (Phylogenetic Analysis Using Parsimony and other methods) - analýzy založené na vzdálenostech, parsimonii a maximal likelihood
  • MrBayes - Bayesovská metoda ke zjištění fylogenetických vztahů
  • TCS - konstrukce haplotypových sítí pomocí statistické parsimonie (pouze pro sekvence)

 

vyhodnocování populačních dat

  • ArlequinAMOVA (Analýza MOlekulární VAriance) a další metody genetické analýzy populací a jedinců
  • PopGene - výpočet populačně genetických parametrů pro kodominantní i dominantní data (RAPD, AFLP ...)
  • FSTAT - výpočet populačně genetických parametrů z alelických dat (isozymy, mikrosatelity)
  • Hickory - Bayesovská analýza geografické struktury genetických dat
  • MSA - populačně genetické parametry specifické pro mikrosatelity
  • BAPS (Bayesian Analysis of Population Structure) - Bayesovské clusterování populací a jedinců pro kodominantní i dominantní markery
  • SPAGeDi (Spatial Pattern Analysis of Genetic Diversity) - analýza prostorové genetické struktury populací a jedinců (i pro dominantní markery a různé ploidní úrovně)

konverze souborů

  • FORCON (součást instalece TreeCon)
  • PGDSpider
  • CONVERTFormatomaticCreate - konverze do formátů POPGEN, Arlequin, Structure, BAPS, Phylip, MSA, SPAGeDi, FSTAT ad.





 

 

Aktualizováno Neděle, 15 Únor 2009 20:34
 
 
Joomla 1.5 Templates by Joomlashack