DNA laboratoř

práce se sekvencemi

• FinchTV - prohlížení sekvencí
• BioEdit - editace sekvencí a mnohem víc...
• ClustalX - základní alignment sekvencí
• Primer3 - navrhování primerů
• CAP3 - vytváření contigů
• SeqState - automatické kodování indelů

práce s AFLP a mikrosatelitovými primárními daty

• Genographer
• Genographer 2.0beta
• Genographer2
• GeneMarker

konstrukce stromů, koordinační analýzy a další programy... 

• TreeCon - výpočet a grafické zobrazení dendrogramů (sekvence, dominantní i kodominantní data)
• FAMD - stromy, PCoA, AMOVA, Shannonův index, zacházení s chybějícími daty...
• PAUP (Phylogenetic Analysis Using Parsimony and other methods) - analýzy založené na vzdálenostech, parsimonii a maximal likelihood
• MrBayes - Bayesovská metoda ke zjištění fylogenetických vztahů
• TCS - konstrukce haplotypových sítí pomocí statistické parsimonie (pouze pro sekvence)

vyhodnocování populačních dat

• Arlequin - AMOVA (Analýza MOlekulární VAriance) a další metody genetické analýzy populací a jedinců
  
• PopGene - výpočet populačně genetických parametrů pro kodominantní i dominantní data (RAPD, AFLP ...)
  
• FSTAT - výpočet populačně genetických parametrů z alelických dat (isozymy, mikrosatelity)
• Hickory - Bayesovská analýza geografické struktury genetických dat
• MSA - populačně genetické parametry specifické pro mikrosatelity
• BAPS (Bayesian Analysis of Population Structure) - Bayesovské clusterování populací a jedinců pro kodominantní i dominantní markery
• SPAGeDi (Spatial Pattern Analysis of Genetic Diversity) - analýza prostorové genetické struktury populací a jedinců (i pro dominantní markery a různé ploidní úrovně)

konverze souborů

• FORCON (součást instalece TreeCon)
• PGDSpider
• CONVERT, Formatomatic, Create - konverze do formátů POPGEN, Arlequin, Structure, BAPS, Phylip, MSA, SPAGeDi, FSTAT ad.