DNA laboratoř

katedry botaniky PřF UK v Praze

Metody

Informace o metodách používaných v laboratoři

 

  • RAPD   ( 4 Články )
    • metoda k určení variability na populační úrovni, definici klonů
    • k dispozici 40 dekanukleotidových primerů (sada Operon  B, M a P)
    • výhodná standardizace při použití ReadyMix (Sigma)

  • AFLP   ( 4 Články )
    • vhodná metoda pro populační studie a pro zjištění vztahů na úrovni blízce příbuzných taxonů
    • vyžaduje počáteční screening pro nalezení optimální kombinace primerů
    • závěrečná visualizace fluorescenčně značených primerů je prováděna ve spolupráci se sekční sekvenační laboratoř

  • PCR-RFLP   ( 4 Články )
    • metoda k určení variability chloroplastové DNA, definice haplotypů
    • možno též využít pro studium hybridizace (např. hledání hybridního ITS pattern...)
    • relativně levná metoda umožňující analýzu velkého množství vzorků
    • potřeba počátečního screeningu pro nalezení variabilních úseků
    • k dispozici mnoho párů univerzálních chloroplastových primerů a cca 20 restrikčních endonukleáz

  • Sekvenování   ( 1 Článek )
    • ve spolupráci se sekční sekvenační laboratoří (sekvenátory ABI 3100 Avant a 3130 Avant)
    • k dispozici např. primery pro sekvenování ITS, trnL-F a mnoha dalších úseků cpDNA (viz sekce Primery)

  • Mikrosatelity   ( 3 Články )
    • jaderné mikrosatelity (SSRs)
      • nejlepší marker pro zhodnocení variability na populační úrovni
      • jsou potřeba druhově specifické primery, tj. metoda použitelná pouze v případě, že pro studovaný druh byly primery již publikovány
      • po otestování amplifikovatelnosti lze objednat fluorescenčně značené primery a pro hodnocení variability využít automatický sekvenátor v sekční sekvenační laboratoři
    • chloroplastové mikrosatelity (cpDNA SSRs)
      • vhodné pro hodnocení variability na úrovni příbuzných druhů, někdy i na vnitrodruhové úrovni
      • k dispozici 10 párů univerzálních primerů značených fluorescenční barvičkou pro použití na sekvenátoru

 
Joomla 1.5 Templates by Joomlashack