Nabízená témata studentských prací

Zájemci o bakalářské a magisterské práce jsou vždy vítáni. Pokud vás náš výzkum nebo i konkrétní témata zaujala napiště Filipovi (filip.kolar_at_gmail.com) nebo se stavte v naší místnosti (dveře č. 69, první patro Benátská 2). Práci v našem týmu si můžete vyzkoušet i formou krátkodobého projektu “na zkoušku”.

Jaké zkušenosti u nás můžete získat:

  • mezioborová práce na pomezí ekologie, evoluční biologie a populační genomiky
  • schopnost kombinovat moderní experimentální přístupy s analýzami velkých sekvenačních dat
  • výzkum na dosud opomíjených divokých příbuzných hlavního modelu rostlinné genetiky Arabidopsis
  • práce v mladém mezinárodním týmu
  • obecně jazyková, oborová i analytická flexibilita výhodná i mimo oblast základního výzkumu
  • možnost kontaktu s vědci z různých zahraničních pracovišť v rámci výzkumných stáží

Bližší info o novém Evropském ERC grantu zde.

 

Aktuální témata

(seznam není úplný a lze se domluvit na dalších alternativách)

Mechanismy adaptace v přírodních populacích Arabidopsis
Přestože Arabidopsis thaliana je hlavním modelem rostlinné biologie, stále víme málo o biologii jeho nejbližších příbuzných. Práce bude zaměřena na shrnutí nejnovějších poznatků o adaptaci divokých populací huseníčku a metodách jejich studia. Na bakalářskou práci může navázat magisterský projekt zaměřený na experimentální (přesazovací pokusy, experimentální kultivace v růstových komorách) a populačně-genomický (detekce selekce a dalších procesů z celogenomických sekvenčních dat) výzkum přírodních populací Arabidopsis. 

Speciační bariéry mezi rostlinami - jakou roli hraje duplikace celého genomu?
Ačkoliv zmnožení celého genomu, polyploidizace, je jeden z hlavních procesů speciace u rostlin stále víme velmi málo o mechanismech které stojí za touto ploidní bariérou. Nevíme jak silná je bariéra u různých druhů ani zda hlavní mechanismy bránící křížení stojí před (zejm. ekologické procesy) nebo po (fyziologické procesy) oplození. Bakalářská práce bude mít za cíl shrnout nové poznatky v tomto dynamicky se vyvíjejícím oboru rostlinné biologie. Na tuto práci pak může přímo navázat magisterský projekt, kombinující terénní, experimentální (hybridizační pokusy, moderní mikroskopické techniky) i populačně genetické a genomické metody.

NB u všech prací: Konkrétní zaměření (tzn. nastavení proporce terén vs. laboratoř vs. analýzy genomických dat) je flexibilní a záleží na konkrétní domluvě.

Další témata s bioinformatickou tématikou zde (přehled za celý program Bioinformatika)