Odběr vzorků
Vzorky jsme sbírali na celkem 398 lokalitách napříč Českou republikou. Na každé lokalitě byly u každého přítomného druhu ze seznamu odebrány vzorky z pěti rostlin. Aby se minimalizovalo riziko odběru geneticky totožných jedinců, byly vzdálenosti mezi jednotlivými rostlinami minimálně tři metry. Každý vzorek zahrnoval 1–30 listů v závislosti na jejich velikosti. Materiál byl ihned uložen a vysušen v silikagelu, aby byla zachována kvalita DNA pro následné analýzy.S pomocí 66 sběračů se nám podařilo shromáždit 10 200 vzorků.
Pro analýzy jsme pro každý studovaný druh následně vybrali až 80 populací rovnoměrně rozložených po celé České republice s minimální vzdáleností 10 km. Přednostně byly zahrnuty cenné lokality sledované v rámci monitoringu ČSOP. Pro polyploidní druhy byl proveden výběr pro každou ploidii zvlášť.
Průtoková cytometrie
U všech vzorků pocházejících z polyploidních komplexů (tedy druhů s vícero úrovněmi ploidie) byla úroveň ploidie spolehlivě ověřena pomocí průtokové cytometrie (FCM). Tato metoda umožnila přesnou identifikaci jednotlivých cytotypů a odhalení případné vnitropopulační variability, což je klíčové pro správnou taxonomickou interpretaci studovaných rostlin.
DNA analýzy (ddRADseq)
Z každého vzorku byla izolována DNA a analyzována pomocí moderních genomických markerů (RADseq). Tato metoda umožňuje získat velké množství genetických informací napříč celým genomem a je vhodná pro detailní studium populační struktury i jemných rozdílů mezi populacemi běžných lučních druhů.
Populačně genetická struktura
Použité analytické přístupy
Genetická data byla zpracována pomocí tří klíčových analytických přístupů běžně používaných v populační genetice:
- Mnohorozměrné analýzy (např. PCA / PCoA) určily míru podobnosti a odlišnosti populací v rámci jednotlivých druhů.
- Analýzy genetické struktury (např. program STRUCTURE) identifikovaly počet a prostorové rozložení geneticky odlišitelných skupin (klastrů).
- Test izolace vzdáleností (isolation-by-distance) ověřil, zda genetická odlišnost roste s geografickou vzdáleností. Tento vztah byl potvrzen u všech studovaných druhů, i když se jeho intenzita mezi nimi lišila.
Klíčový metodický aspekt: U všech výše uvedených analýz důsledně zohledňujeme ploidní úrovně jednotlivých vzorků, což zajišťuje vysokou přesnost a biologickou relevanci výsledných genetických modelů.