Tomáš Koubek

Kontakt:

e-mail: tomas.koubek (zavinac) gmail.com
mobil: +420737449485
tel. škola: +420221951653

adresa: Benátská 2
12801 Praha 2
2. patro, proti schodům

 

Výzkumné zájmy:

infected falcaria Populační biologie rostlin infikovaných systémovými patogeny

studijním systémem je Falcaria vulgaris nakažená systémovou rzí Puccinia sii-falcariae, sebraná demografická data jsou používána ke konstrukci přechodových matic pro nakažené a zdravé rostliny a srovnání jejich růstových rychlostí a dalších parametrů; data o infekci na krajinné úrovni jsou korelována s podmínkami prostředí; vliv choroby na růstovou rychlost populací se ukázal jako malý; další patosystémy, které v poslední době zkoumáme jsou Podosphaera balsaminae na Impatiens noli-tangere (s Janou Chalupníkovou) a Microbotryum na Dianthus carthusianorum (s Klárou Koupilovou)

 

infected duchesnea Interakce klonality a vlivu patogenů u rostlin

o tento vztah se zajímám zatím na dvou systémech - na systému Duchesnea indica ‒ padlí Podosphaera aphanis, kde choroba je nesystemická; prozatím odložená je studie na klonální rostlině Vinca minor nakažené systemickou rzí Puccinia cribrata v podhůří Slovinských alp, naším cílem je zjistit vliv parametrů klonálního růstu na efekt systémových patogenů a také vliv choroby na evoluci klonality; tuto studii doplňuje modelování pomocí modelu Rhizome; na této práci spolupracuji s Tomášem Herbenem a Petrem Dostálem

 

meadow species Klíčení a přežívání semenáčků lučních bylin

šlo o moji diplomovou práci prováděnou na druzích Centaurea scabiosa, Tragopogon orientalis, Carlina vulgaris a Succisa pratensis na osmi lokalitách po Čechách, cílem práce bylo zjistit efekt managementu na klíčení a přežívání semenáčků; většina rostlin reagovala na sečení pozitivně, ale C. scabiosa v jednom roce klíčila více v plochách nesečených, T. orientalis na seč reagoval jen mírně

 

 

plasticity experiments Vztah abundance a plasticity

plasticita je zásadní schopnost rostlin přizpůsobovat se prostředí a jako taková může být zodpovědná za vyšší úspěšnost rostlin a následně i jejich vyšší abundanci v prostředí a na regionální úrovni; plasticitu zkoumáme ve vztahu ke světlu a k živinám; na této práci spolupracujeme s Tomášem Herbenem a Martinem Weiserem

 

 

mangrovove druhy Nutriční složení potravy kahau nosatého v mangrovech Bornea

projekt Stanislava Lhoty, který dlouhodobě zkoumá populaci kahau nosatého (Nasalis larvatus) v Balikpapanském zálivu ‒ v rámci své práce jsem sbíral vzorky jednotlivých druhů rostoucích v zálivu a po nutričních analýzách zkoumal, zda jsou druhy pravých mangrovů nutričně chudší, než druhy okolí mangrovů; v plánu jsou také trvalé plochy v jednotlivých typech mangrovů

 

 

Vypsaná témata bakalářských a diplomových prací:

Souhrnné téma lze nalézt na SISu, všechna témata zde.

Tady se objevují konkrétní nápady:

Interakce infekce padlím a klonality u druhu Duchesnea indica (podrobný návrh - doc)

Vliv vytrvalé a časté choroby (rez Puccinia sii-falcariae) na srpek obecný (Falcaria vulgaris)

Výuka:

Ekologie a chování organismů (MB120P125) ‒ kurz pro učitelské obory, ekologie jak rostlin, tak živočichů, prezentace zde.

Ekologie rostlin (MB120P35) ‒ základní bakalářská ekologie rostlin od ekofyziologie přes populační po ekologii společenstev rostlin.

Experimentální ekologie rostlin (MB120C14) ‒ kurz, kde si studenti mohou vlastníma rukama zkusit udělat v zahradě nebo laboratoři ekologický experiment, součástí je také čtení literatury

Kurz terénních metod ekologie rostlin a fytocenologie (MB120T109) ‒ týdenní terénní kurz na konci letního semestru, společně s Martinem Weiserem zaštiťujeme populační část, kurz je pro magisterský stupeň

Terénní cvičení z botaniky (MB120T61) ‒ botanický výukový kurz pro bakalářský stupeň

Terénní cvičení z ekologie (MB162T02) ‒ bakalářský kurz vedený formou malých ekologických studií ve skupinách

Zajímavé problémy v botanice a ekologii rostlin (MBCPLUS007) ‒ garant + přednáška o chorobách a rostlinách

Vzdělání:

1990‒1997:
gymnázium Jana Palacha, Mělník, studium zakončeno maturitou

1997‒2003:
magisterské studium: Ústav pro životní prostředí, Přírodovědecká fakulta, Universita Karlova, téma diplomové práce - Vliv obhospodařování na klíčení a přežívání semenáčků lučních bylin, DP byla zpracována na katedře botaniky v rámci projektu Evropské unie -Transplant a její výstupy byly užity jako vstupní data pro další části tohoto projektu, ukončeno 3.6.2003, titul Mgr.

2003‒2011:
doktorandské studium: Katedra botaniky, Přírodovědecká fakulta, Universita Karlova, téma dizertační práce - Populační biologie rostlin napadených systémovými parazity (PDF)

Zaměstnání:

2005‒2006: katedra botaniky na částečný úvazek na grantu GAČR "Lokální adaptace v rostlinných populacích", webmaster

2006‒2011: katedra botaniky na plný úvazek na Centru pro výzkum biodiverzity

2012-2015: katedra botaniky na plný úvazek jako člen týmu na grantu GAČR "Ovlivňuje fenotypická plasticita rostlinných druhů jejich četnost?"

od roku 2016: katedra botaniky na plný úvazek jako člen týmu na grantu GAČR "Reakce na disturbanci jako klíčový proces evoluce bylin a klonálních rostlin: kombinace fylogenetických a experimentálních přístupů"

Studijní pobyty v zahraničí:

2002-2003: 4 měsíce, Katholieke Universiteit Nijmegen (dnes RU), Department of plant ecology - studium spojeno s pokusem ve skleníku ve spolupráci s Xavierem Picó a dále s konzultací výstupů diplomové práce, financováno z programu Erasmus

2004: týden, Stockholm University, Department of botany - konzultace práce s Johanem Ehrlénem a přednáška na oddělení

2005-2006: 4 měsíce, Radboud University Nijmegen, Department of plant ecology - experiment ve spolupráci s Tamarou van Mölken a Josefem F. Stueferem na projektu zabývajícím se vlivem viru WClMV na Trifolium repens, financováno z Huygens fellowship programu holandské organizace Nuffic

Účast na konferencích:

Starší konference: Zobrazit Skrýt

2009: 9th Clonal plant workshop, Leuven, poster: Spread of rust fungi in clonal plants of Vinca minor

2011: Třetí konference České společnosti pro ekologii , Kostelec nad Černými Lesy, poster: Vliv běžného patogenu na populační
dynamiku Falcaria vulgaris

2012: Desátý klonální workshop v Pekingu, poster: Ramet turnover under differing water levels in Vinca minor, odkaz zde

2012: BES conference in Birmingham, poster: Ramet turnover under differing water levels in Vinca minor

2013: Popbio v Tartu, poster: Does higher plasticity in response to light quality help plants to be more abundant?

2013: První konference skupiny Wild Plant Pathogens (WPP) v Olomouci, přednáška: Matrix models of plant infected by systemic pathogen show low impact of the disease and high influence of the environment

2013: Čtvrtá konference České společnosti pro ekologii , Brno, přednáška: Jsou rostliny s plastičtější reakcí na světlo častější v krajině?

2014: Konference BES v Lille, poster na téma Comparative analysis of plant plasticity to light signals.

2015: Jedenáctý klonální workshop v Třeboni, poster Effect of local pathogen on translocation in clonal plant

2015: Konference BES v Edinburghu, poster na téma Simulated herbivory in 19 meadow species – comparative analysis

2016: Popbio v Třeboni, organizace a poster na téma Plastic changes of SLA in response to shade

2016: Druhá konference skupiny Wild Plant Pathogens (WPP) v Helsinkách, poster: Using Ellenberg‘s indicator values as a proxies for effect of environment in three different wild pathosystems

Publikace:

Weiser, M., Koubek, T. and Herben, T. (2016) Root Foraging Performance and Life-History Traits. Frontiers in Plant Science 7:779.

Dostál, P., Weiser, M. and Koubek, T. (2012) Native jewelweed but not other native species displays post-invasion trait divergence. Oikos 122 (11): 1849–1859.

Koubek, T. and Herben, T. (2008): Effect of systemic diseases on clonal integration: modelling approach. Evolutionary Ecology 22 (3): 449-460.

Sklenář, P., Karlík, P., Koubek, T., Scharffová, K., Křivánek, M. and Suchara, I. (2007) Temperature inversion in the sandstone valley of the Křinice river (Bohemian Switzerland National Park); winter measurements. in Sandstone Landscapes. Praha. Academia. ISBN 978-80-200-1577-8. pp 104-109.

Březina, S., Koubek, T., Münzbergová, Z. and Herben, T. (2006): Ecological benefits of integration of Calamagrostis epigejos ramets under field conditions. Flora 201 (6): 461-467.

Pico, X. F. and Koubek, T. (2003): Inbreeding effects on fitness traits in heterocarpic herb Leontodon autumnalis L. Acta Oecologica 24: 289 – 294.

Koubek, T. (2003): Germination and growth of seedlings of meadow herbs under different managements. 54 pp, (MSc. thesis), Depon. in: Lib. Inst. Env. Prot., Charles University, Prague. [in Czech]

Různé:

Tomas Koubek's bibliography

člen České botanické společnosti a České společnosti pro ekologii

Osobní:

Ačkoliv žiju od narození v Neratovicích a poslední dobou v Praze, kořeny mám na Vysočině v okolí Pelhřimova (Červená Řečice, Hořepník, Pacov...), odkud pochází oba moji rodiče.
Zajímám se o lesní moudrost (woodcraft) a o táboření v týpí. Dále mne baví různá hudba a hra na různé hudební nástroje, internet, literatura, poezie, focení a kaligrafie.

nahoru


Live Stats For Website