• <em>Klebsormidium flaccidum</em>   
  • <em>Chrysodidymus synuroideus</em>   
  • <em>Mallomonas caudata</em>   
  • <em>Scotinosphaera gibberosa</em>   

Teaching

»»» Current thesis subjects for students / Aktuálně vypsaná témata studentských prací «««

Courses

Protistology

The objective of the course is to introduce the unicellular eukaryotes, i.e. the protists in the broader sense. The attention is paid namely to the endosymbiotic origin of the eukaryotic cell, mitochondrion and plastid, characterisation of the individual lineages of unicellular eukaryotes, their phylogenetic interrelationships and their relationships to multicellular organisms. The course is recommended to students of the second grade and is not directly connected to other courses.

Course information

Web page of the course

Excercise in Protistology

Selected protist organisms are presented during this practical course, predominatly in living form. The morphology, ecology and phylogenetic position is briefly demonstrated and discussed for each presented species. As a part of the Excercise, students will sample or cultivate own samples, and determine retrieved protist organisms.

Course information

Phycology I., Phycology II.

Both courses are given in English in the case of attendance of international students. Main attention is paid to the evolution, morphology, ultrastructure, systematic position, biodiversity, biogeography and biotechnology of various groups of autotrophic protists. In the practicum, a broad range of species from the living speciments, cultures or preserved samples is demonstrated. During the winter semester, Cyanobacteria and autotrophic protist groups from kingdoms Chromalveolata, Rhizaria and Excavata are discussed (incl. diatoms, kelps, chrysomonads, etc.). In the summer semester, we target to protist organisms in kingdom Plantae (e.g. green algae, red algae, etc.). Each course is finished by identification test and oral exam. Each course has 6 ECTS credit points.

Course information - Phycology I, Phycology II

The gallery of demonstrated protist organisms

Advanced methods in DNA sequence and multilocus data analyses

The course focuses on basic and advanced analyses of sequence and multilocus molecular data, particularly those regularly used in current botany (sequences of plastid and nuclear ribosomal and low-copy DNA regions, microsatellites, AFLP). During seven four-hour blocks, students will learn how to independently analyse sample datasets. Finally, each student will analyze, interpret and present his/her own "project" dataset (own data are preferred but not obligatory).

Course information

Web page of the course (in Czech)

Working methods in phycology

Basic methods for studying phycology. The main goals of the course are i) to understand all aspects of phycological methods, and ii) to practice processing and publishing own data.

Course information

Web page of the course (in Czech)

Phycological field excursion

Field excursion at interesting algological localities following with the determination of natural samples. The excursion usually takes place in an area with recent phycological research of biodiversity. Thus, it includes both the processing of results and the participation of students on the publishing of data. The course proceeds once per three years.

Course information

Current thesis subjects for students / Vypsaná témata studentských prací


Následující text představuje nabídku možných témat diplomových prací řešených v rámci naší algologické skupiny. Nejedná se o vyčerpávající seznam všech možných témat - ty mohou dynamicky vznikat a zanikat v závislosti na aktuálně řešených grantových projektech, spolupracích s tuzemskými i zahraničními pracovišti, atd. V případě zájmu nás kontaktujte a možné téma práce probereme individuálně, s přihlédnutím na vaše zájmy a představy.

Bakalářskou práci vnímáme jako teoretickou přípravu k práci diplomové, proto její téma většinou volíme tak, aby následná diplomová práce na tento převážně teoretický spis navazovala.

Skrytá diverzita a druhový koncept zlativky rodu Uroglena

Rod Uroglena (česky kulovinka) zahrnuje morfologicky velmi pohledné koloniální řasy tvořící slizovité kolonie několika desítek či stovek bičíkovců. Kolonie mohou dosahovat až 2 mm, a u některých druhů byla dokonce zaznamenána toxicita. Ačkoli se jedná o poměrně běžné zástupce planktonu rybníků, o jejich reálné diverzitě se neví téměř nic. To je zapříčiněno zejména jejich velmi obtížnou kultivací, která znemožňuje získání čistých kultur a následné molekulárně genetické analýzy.
Hlavním cílem diplomové práce bude postihnutí reálné genetické diverzity rodu Uroglena pomocí sofistikované metody single cell PCR. Tato metoda umožňuje získání molekulárních dat z nekultivovaných organismů. Práce bude sestávat z terénních odběrů (planktonní odběry jezer, rybníků, tůní, …., měření abiotických parametrů), laboratorní práce (izolace kolonií mikropipetovou metodou, mikrofotografie, molekulárně genetické analýzy) a fylogenetického zpracování získaných molekulárních dat.

Molekulární diverzita řasových endofytů vodních rostlin

Zelená řasa rodu Chlorochytrium se vyznačuje unikátním výskytem ve stélkách vodních makrofyt (Lemna,PotamogetonElodeaSphagnum). Jedná se tudíž o endofytický, možná i parazitický autotrofní organismus. Tradičně byly do tohoto rodu řazeny všechny zelené řasy vyskytující se ve stélkách vodních rostlin. Recentní molekulární analýza ale poukázala na existenci několika nezávislých linií endofytických řas, reprezentující odlišné rody. 
Diplomová práce se proto bude soustředit na zkoumání téměř neznámé diverzity těchto zajímavých endofytických řas. Práce bude sestávat jak z terénních odběrů (sběr vodních rostlin z různých vodních prostředí, měření abiotických parametrů), tak laboratorní práce (izolace endofytů, jejich zpracování za účelem morfologické a molekulárně genetické analýzy).

Vliv záplav na diverzitu a druhové složení šupinatých chrysomonád

Vysoce variabilní a strukturované prostředí by podle nikové teorie mělo hostit vysoké množství druhů. Diplomová práce se zaměří na studium vlivu podmínek prostředí (vzdálenost od řeky korelovaná s efektem jarních záplav, druhová bohatost makrofyt, členitost dna) na druhovou bohatost šupinatých chrysomonád na komplexu Vltavských a Lužnických tůní. Vzorkování bude probíhat pravidelně během roku, s důrazem na období po jarních záplavách.

Studium biogeografie protist na modelovém rodu Synura

Biogeografie protist představuje široce diskutované téma. Zatímco zástupci kosmopolitního rozšíření protist argumentují malou velikostí buněk a velkým dispersnímpotenciálem mikroorganismů, oponenti této teorie poukazují na existenci endemických protistních druhů. Rod Synura představuje ideální modelový rod pro studium faktorů ovlivňujících rozšíření protist. Dva blízce příbuzné druhy, S. petersenii a S. hibernica, mají zcela odlišní typy rozšíření - zatímco prvně zmíněný druh je kosmopolitní, druhý byl doposud nalezen pouze v okolí západního pobřeží Irska.
Diplomová práce si klade za cíl nalezení mechanismů skrytých za touto pozoruhodnou odlišností v distribuci příbuzných protistních druhů. Práce bude sestávat jak z terénních odběrů (sběr fytoplanktonu, měření abiotických parametrů), tak laboratorní práce (ekofyziologické studie zaměřené na toleranci k teplotním výkyvům a stresu z vysychání, studie vlivu environmentálních podmínek na tvorbu cyst).

Vliv klimatu na distribuci lišejníkových fotobiontů  

Ekologické nároky lišejníkových fotobiontů pravděpodobně významně ovlivňují ekologii a distribuci lišejníků. Naše znalosti jsou však v tomto ohledu stále velmi omezené. Tento diplomový projekt se zaměří na vliv nadmořské výšky na distribuci fotobiontů u saxikolních společenstev lišejníků. Vzorky budou pocházet z výškových transektů v ČR (Krkonoše), Rakousku (Alpy - Hohe Tauern) a Slovensku (Vysoké Tatry). Projekt bude kombinovat jak teréní sběry tak laboratorní práci (genetická charakteristika diverzty fotobiontů) a následnou analýzu dat.